Tidak masuknya Persipura sampai saat ini masih jadi polemik. Ada dugaan kuat, PSSI tidak mendaftarkan Persipura tetapi Persija 1928. Padahal dalam keterangan resminya AFC telah mengkonfirmasi Persipura punya hak ke LCA. Lalu mengapa PSSI malah mendaftarkan Persija 1928? Bukankah Persipura masih anggota resmi PSSI? Benarkah PSSI tidak berniat mendaftarkan Persipura?
Kompas.com memberitakan bahwa anggota Komite Eksekutif PSSI, Roberto Rouw, meminta Djohar untuk tidak terus menyebutkan bahwa Konfederasi Sepak Bola Asia (AFC) yang mencoret Persipura Jayapura dari Liga Champions Asia (LCA) 2012.
“Persipura bukan mewakili Papua saja, tapi Indonesia. Ini yang harus digarisbawahi. Jangan terus bohongi publik dengan membuat pernyataan AFC coret. Persipura tidak dicoret, tetapi tidak didaftarkan PSSI,” kata Roberto kepada wartawan di sela-sela unjuk rasa Persipura Mania di kantor PSSI, Kamis (8/12/2011) siang.
Saya sangat menyayangkan keputusan PSSI yang sepihak ini. Apakah memang Persija 1928, yang adalah inkarnasi Batavia FC LPI, pantas mewakili Indonesia? Lalu apakah Persipura statusnya sudah dibekukan PSSI sehingga tidak boleh didaftarkan? Mengapa PSSI tidak mengurus dahulu status Persipura di dalam tubuh PSSI, baru dijegal? Mungkinkah PSSI kesal karena Persipura membelot ke ISL?
Tidak tahulah saya mana yang benar. Tetapi yang pasti Persipura yang menjadi kebanggaan saya tidak bisa menunjukkan kepada Asia indahnya sepakbola Papua. Sayang, padahal ini bisa menjadi promosi kepada dunia internasional untuk melirik pemain kita. Semoga PSSI sadar akan dampak dari keputusannya.